הרומאים היו הראשונים שהעריכו את היתרונות האסטרטגיים של מקום זה על הריין. היישוב הרומי קולוניה הופיע כאן בשנת 33 לפני הספירה. ה. הרומאים הביאו עימם לא רק ידע טכני וצבאי, אלא גם את הנצרות. ובמשך מאות שנים רבות, קלן נותרה מרכז הנצרות בצפון אירופה.
הרומאים היו הראשונים שהעריכו את היתרונות האסטרטגיים של מקום זה על הריין. ישוב רומאי מושבה הופיע כאן בשנת 33 לפני הספירה ה. בשל העובדה כי הקיסר קלאודיוס התחתן עם ילדה מקומית, 50 גרם ה. מושבה הפכה לעיר - לאט. קולוניה קלאודיה אראה אגריפיננסיום - "מושבה של קלאודיוס, מקום להקריבה של אגריפינס." הרומאים הביאו עימם לא רק ידע טכני וצבאי, אלא גם את הנצרות. ובמשך מאות שנים רבות קלן (קלן) נותרה מרכז הנצרות בצפון אירופה.
סמל השגשוג והעוצמה של העיר היה עצום הקתדרלה(Kölner Dom). בנייתו החלה בשנת 1248. בונים ואדריכלים הוטלו על יצירתם של "הקתדרלה הגדולה ביותר צפונית להרי האלפים". הארכיבישופים של קלן היו בעלי כוח לא רק בעולם הכנסיה, אלא גם בעולם החילוני. למאה ה- XV קלן הפכה לאחת הערים הגרמניות העשירות ביותר, אך עדיין בניית הקתדרלה הענקית נמשכה 600.
בשנת 1794 נכבשה קלן על ידי הצרפתים, שהחליטו לספור מחדש את בתיהם על פי מערכת משלהם. הם הקצו את המספר 4711 לבית משפחת מוהלן - השם המפורסם נולד מי קלן (קלן וואסר)כלומר קלן (או דה קלן). תערובת בושם הוכנה בעיר מאז תחילת המאה ה- XVIII. ונמכרה כתרופה, אך בשנת 1810 הוציא נפוליאון צו לפיו נוסחאות התרופות צריכות להיות זמינות לכולם לטובת העניים. שמירת המתכון בסוד הפכה בלתי אפשרית. ואז היצרנים הכריזו במהרה על מוצר האסלות שלהם. הארומה הייתה פופולרית מאוד בקרב אריסטוקרטים שלא אהבו לשטוף ובעזרתה רעו ריחות לא נעימים.
קלן ועמק הריין סופחו על ידי מלכי פרוסיה בשנת 1815. תחת שלטונם המשיכה העיר לפרוח. באמצע המאה ה- XIX. היא הפכה למרכז רכבת מרכזי ובשנת 1880, סוף סוף, הסתיימה בניית הקתדרלה. התפתחות התעשייה והתחבורה נמשכה גם במאה העשרים. את סוף שגשוגה של העיר הונחה מלחמת העולם השנייה.
צבא היטלר כבש את עמק הריין המפורז בשנת 1936. בתחילת 1940 נכנסו כוחות גרמנים לקלן ומשם עברו לכבוש את הולנד, בלגיה וצרפת. תעופה של בעלות הברית הפציצה לא אחת את קלן, מפעלי תעשייה ובסיסים צבאיים של העיר. ההפצצה הקשה ביותר התרחשה ב- 2 במרץ 1945. קלן הפכה לחורבות. 90% מהבניינים וכל הגשרים נהרסו. באורח פלא רק הקתדרלה שרדה.
מיד לאחר המלחמה החלה האוכלוסייה לבנות את העיר מחדש, בניסיון לשמר את המבנים ההיסטוריים של המרכז הישן. שיקום הכנסיות הרומנסקיות העתיקות דרש מאמץ וכסף רב. למרות העבר הקשה, קלן הפכה שוב למרכז תעשייתי משגשג של אירופה והחזירה את יופייה לשעבר.
