למרות העובדה כי האפיפיור פרנסיס משפיע לטובה מאוד על הכנסייה הקתולית, בהיסטוריה שלו לא היו רק פסים לבנים, אלא גם פסים שחורים. להלן עשרת השערוריות המובילות שפרצו בוותיקן, החל מחומרים סודיים למשפט על גופה.
- ג'ון ה -12 נבחר ליורש הכס הקדוש בגיל 18. עד מהרה רעם שמו לכל העולם: האפיפיור הצעיר לא פעם משך את תשומת ליבו של הציבור עקב חייו האישיים, בהם התעניין הרבה יותר מאשר ענייני הכנסייה. רשימת ההאשמות שהובאו נגד ג'ון כללה סעיף המצביע על כך שהאפיפיור הצעיר זימן שדים, נהרג ועינה אנשים, וגם לרוב שיחק בהימורים. חלק מההיסטוריונים טוענים כי לג'ון ה- XII היו תככים רבים עם נשים נשואות. האדישות שלו הסתיימה בשנת 964, כאשר נפטר מהתקף לב, כביכול בילוי עם אחת מפילגשיו.
- נראה כי בשנות ה -70 של המאה העשרים, האפיפיור Sixtus IV "הבשיל" בכל מקום. היו לו שישה ילדים לא לגיטימיים, שאחד מהם נולד כתוצאה מיחסיו עם אחותו. ראוי לציין שלפנטיפ היו עקרונות משלו. הוא הביא לכנסייה הרבה כסף על ידי גביית מיסים מהזונות. יתר על כן, סיקסטוס הרביעי הורה לכמרים לשלם כסף עבור הזכות לפילגשות. עם זאת, האפיפיור הצליח לכתוב את שמו בהיסטוריה לא רק בגלל חייו האישיים הקדחתניים: הקפלה הסיסטינית (Cappella Sistina) נקראה על שמו.
- בספרו כתב האפיפיור סטיבן השישי כי הנקמה מתוקה במיוחד לאחר המוות. יתכן שזו הסיבה שהוא דרש להוצאת גופתו של קודמו, האפיפיור פורמוסה, כדי לשלוח אותו לבית המשפט. גופתו של הפונטיפ שנפטר נמצאה אשמה בפשעים רבים, כולל הרגלו להציג את עצמו כארכיבישוף לאחר שהודח מכבוד זה. עם זאת, האפיפיור סטיבן לאחר מעשהו התמודד גם הוא עם גורל קשה: הוא נעצר ונזרק לכלא, שם נפטר בשנת 897.
- למרות הדלפה שערורייתית של מסמכים חשאיים של הכנסייה הקתולית בשנת 2012, לראשונה נפלו הרשומות הסודיות של הוותיקן לידי הציבור בשנת 1869, כאשר הפרסום הגרמני פרסם את המשא ומתן של האפיפיור פיוס IX עם גורמים רשמיים, שם דנו בהשפעת הרציונליזם, הליברליזם והמטריאליזם.
- אחת השערוריות הגדולות התפרצה בוותיקן בשנת 2010, והטילה צל בתקופת האפיפיורות של בנדיקטוס ה -16. לפני ארבע שנים נודע לכתבים שעוזרו של האפיפיור, אנג'לו בלדוצ'י, וצ'ינדו תומאס אהייאם, חבר מקהלת קתדרלת סנט פיטר. היו מעורבים בתכנית הזנות הגברית. המשטרה ביססה את מעורבותו של בלדוצ'י בתיק זה בעת האזנת סתר על איכם שהיה מעורב במסירה ישירה של צעירים לפקיד. נכון לעכשיו החוקרים בטוחים שבסך הכל סיפק המקהלה לבלדוי לפחות 10 פגישות עם צעירים, כולל בחור דוגמן ושחקן רוגבי.
- בתחילת שנת 2013 התמודד הוותיקן בבעיות כלכליות קשות כאשר הבנק המרכזי של איטליה הפסיק את שירות הכספומטים בוותיקן בגלל אי הרשויות לקיים את כל הכללים שמטרתם למנוע הלבנת הון. חוסר היכולת להשתמש בכרטיסי פלסטיק עלה לותיקן כ -3,000 יורו ליום עד 12 בפברואר, אז הסכים הבנק השוויצרי להבטיח את פעולתם היציבה של כספומטים סרק.
- ב- 28 ביוני 2013 נעצר נונציו סצראנו, ראש מחלקת הנהלת החשבונות לשעבר, יחד עם שני חבריו, מרגל וכממן לשעבר. הוצג בפניו חיובי הברחה של 20 מיליון יורואותו נשא במטוס פרטי. בהמשך הסביר עורך דינו של הבכיר כי מחלקתו מסרבת להודות באשמתו. שערורייה זו אילצה את התפטרותו של נשיא בנק הוותיקן, כמו גם את סגנו.
- ב- 19 ביולי 1982, גופתו של רוברטו קלווי, המכונה גם "בנק האלוהים", נמצאה על גשר Blackfriars. יו"ר בנק מילאנו אמברוסיאנו (בו הוותיקן הוא בעל המניות העיקרי) הואשם בייצוא בלתי חוקי של סכומים גדולים במיוחד לחו"ל. האיש טס ללונדון, שם נהרג, ובאותה עת קיבל הארכיבישוף האמריקני, שהיה מעורב גם בפרשת קלווי, חסינות.
- איש דת קתולי מואשם בפדופיליה, נעצר בגין לשון הרע לאחר שהצהיר כי זנות הומואים פורחת בוותיקן. פטריסיו פוגי נעצר לאחר שחוקרים חשדו בשקר בהצהרותיו. פודגי טען בעבר כי קצין המשטרה לשעבר היה אחראי לחיפוש הומואים.
- ב- 23 במאי 2012 נעצר "יד ימינו" של האפיפיור, פאולו גבריאלה, בגין העברת מסמכים חסויים של הוותיקן לעיתונאי האיטלקי ג'אנלואיג'י נוזי. הוא מיהר לחשוף מיד קיומה של שחיתות בחומות הוותיקןוגבריאלה נענשה על גניבה. באוקטובר 2012 הוא נידון ל -18 חודשי מעצר בית.
